Nascido em Montevideo, Hugo iniciou sua carreira musical como um prodigio, começou a estudar piano com quatro anos. Aos nove anos, formava com seu pai Antonio e irmão Osvaldo o Trio Fattoruso. Neste grupo, Osvaldo foi o baterista (com cinco anos); Hugo, acordeon; e Antonio, baixo, tocando o instrumento que ele próprio construiu. O Trio atuava em festivais de rua, interpretando vários estilos do carnaval uruguaio.
Aos dezesseis, Hugo começou a tocar baixo acústico como instrumento principal, e foi, na época, o membro mais jovem do Hot Blowers, conjunto de jazz e swing que viajou por toda a América Latina até o final dos anos 50. Este período pode considerar-se o segundo importante desenvolvimento harmônico deste músico, com sua concentração e aprendizajem da improvisação e contra-ponto musical no jazz.
No começo dos anos 60, o rock mudou o mundo da música, e Hugo decidiu formar o grupo Los Shakers, sendo ele e seu irmão Osvaldo os prinicipais compositores, guitarristas, e intérpretes. Los Shakers, Hugo e Osvaldo Fattoruso, Roberto "Pelín" Capobianco (baixo e voz) e Carlos "Caio" Vila (bateria e voz) foram exito total na América Latina, em grande parte por sua imagem, mas também por sua habilidade de combinar as complexidades da bossa nova, o estilo urbano da canção uruguaia os ritmos do candombe, a força do rock num estilo novo e contagioso.
No final da década de 60, as influências do jazz e do candombe levaram Hugo à Nova York, onde formou o grupo Opa. Enquanto Hugo tocava piano e sintetizadores e seu irmão na bateria e percussão, o trio completava-se com seu amigo de infância Ringo Thielmann no baixo. A mistura que ofereceu Opa, de jazz com rock, com as harmonias e ritmos do Brasil, com o sabor afro-uruguaio do candombe, surgiu um som novo e diferente no mercado, e gerou a admiração dos grandes do mundo do jazz latino, que recentemente ficaram conhecidos. Opa gravou dois discos, "Goldenwings", e "Magic Time". A música do Opa serviu como importante contribuição ao desenvolvimento musical da próxima geração de músicos uruguaios, e deixou registrada a marca dos Fattoruso na cultura musical moderna do Uruguai.
A partir deste momento, Hugo viajou os Estados Unidos trabalhando com uma grande variedade de artistas, desde Hermeto Pascoal até Ron Carter e Dixie Dregs. Depois de trabalhar com Milton Nascimento, Hugo morou vários anos no Rio de Janeiro, onde contribuiu em vários projetos dos grandes nomes da música popular brasileira, com Djavan, Geraldo Azevedo, Chico Buarque de Hollanda, Nana Vasconcellos e Toninho Horta.
Hugo colaborou em vários projetos de Milton Nascimento, nos discos "Journey To Dawn", Planeta Blue Na Estrada Do Sol", "Angelus", e
recentemente no CD "Nascimento", que ganhou o prestigioso Grammy em 1997 na categoria World Music. Mas além de suas contribuições nos teclados e no acordeon, os arranjos de várias composições no CD "Nascimento" foram colaborações entre Hugo e Milton. Recentemente, Hugo usou suas experiências de Nova York para criar sua mais recente obra, o CD "Homework".
O livro que acompanha o CD contém as letras em espanhol, assim como traduzidas ao inglês.
